Sintesi

FoundationOne è in grado di individuare alterazioni in 315 geni correlati al tumore e in 28 introni selezionati.1
Rilevamento dei biomarker

FoundationOne può aiutarvi a identificare le opzioni terapeutiche individuando le alterazioni genomiche presenti in 315 geni e 28 introni selezionati che sono associate al tumore e riconducibili a 4 classi di alterazione.1 FoundationOne è inoltre in grado di rilevare i biomarcatori di instabilità dei microsatelliti (MSI) ed il carico mutazionale del tumore (TMB), biomarcatori la cui valutazione può permettere di identificare meglio i pazienti che possono beneficiare maggiormente dell’immunoterapia.2,3

                                                            

FoundationOne è in grado di individuare 4 classi di alterazioni genomiche in aggiunta ai biomarcatori associati alla risposta all’immunoterapia2–4

Quali geni vengono analizzati utilizzando FoundationOne?Quali geni vengono analizzati utilizzando FoundationOne?
Geni analizzati da FoundationOne1

Quali geni vengono analizzati utilizzando FoundationOne?

Geni analizzati da FoundationOne1
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Maggiore precisione

FoundationOne è leader nella profilazione genomica clinica, poiché è in grado di rilevare un numero superiore di alterazioni rispetto ad altri metodi di analisi [5–8]

Rispetto a molte altre tecniche come l’ibridazione in situ in fluorescenza (FISH) e l’immunoistochimica (IHC), FoundationOne offre livelli di rilevazione migliori poiché utilizza NGS (Next Generation Sequencing con  hybrid capture) per sequenziare le intere regioni codificanti di centinaia di geni notoriamente correlati al tumore, fornendo un’elevata “coverage” uniforme in tutti i geni sequenziati, e garantendo con un’elevata sensibilità l’identificazione sia si alterazioni comuni sia di alterazioni rare.4–8 Il servizio fornisce risultati rapidi, dando la possibilità ai medici di agire rapidamente sulla base dei risultati. La profilazione genomica con FoundationOne è supportata inoltre da una delle banche di dati genomiche più esaustive del mondo e si avvale di esperti globali nel campo, garantendo un referto esaustivo e di alta qualità e la possibilità di contattare gli esperti in caso si necessiti di assistenza dopo aver ricevuto il referto.
FoundationOne permette di ampliare le capacità diagnostiche e le  opzioni terapeutiche   identificando le alterazioni genomiche clinicamente rilevanti che altre tecniche standard potrebbero non rilevare 6–11
Le tecniche standard, come l’immunoistochimica (IHC), continuano a rivestire un ruolo importante nella diagnosi di alcuni tipi di tumore, ad esempio quando è richiesta l’analisi di un unico biomarcatore per determinare la presenza o l’assenza di specifiche alterazioni associate al buon esito del trattamento con una terapia approvata. La profilazione genomica esaustiva offre la possibilità di rilevare molteplici biomarcatori e alterazioni contemporaneamente, senza necessità di una predeterminazione dei bersagli (ossia, i bersagli sono noti prima dell’analisi). Questi test sono particolarmente utili nei casi in cui potrebbe essere meno chiaro cosa analizzare.6–11
FoundationOne è in grado di identificare le alterazioni presenti in diversi tipi di tumore 4

FoundationOne fornisce una profilazione genomica esaustiva, e non è quindi necessario specificare anticipatamente un’alterazione di interesse. È dimostrato che la maggior parte delle alterazioni di potenziale rilevanza clinica può sfuggire utilizzando approcci di profilazione tradizionali che analizzano alterazioni predefinite in base alle aspettative dei medici.6–11 In uno studio condotto su circa 7.300 campioni di tumori solidi, è stato analizzato il potenziale beneficio della terapia mirata per note alterazioni dell’oncogene ERBB2 (noto anche come HER2), comuni nel tumore mammario, gastrico e gastroesofageo (GE). In questo studio, alterazioni di ERBB2 sono state rilevate in 27 diversi tipi di tessuto, e le alterazioni nell’amplificazione di ERBB2 rilevate nei tumori della giunzione GE, della mammella e dello stomaco hanno rappresentato solo il 30% di tutte le alterazioni note dell’oncogene ERBB2 rilevate.7

L’esecuzione di un’analisi NGS con hybrid capture ha portato alla rilevazione di alterazioni genomiche del tipo sostituzioni di basi, riarrangiamenti, inserzioni/delezioni e amplificazioni nell’intera gamma di tipi di tumore analizzati. I risultati di questo studio evidenziano il fatto che, rispetto agli attuali standard clinici, la profilazione genomica esaustiva potrebbe identificare in modo più accurato i pazienti che potrebbero trarre beneficio dalle terapie mirate contro ERBB2.**7

Pazienti nei quali si potrebbero rilevare alterazioni di rilievo clinico ricorrendo alla profilazione genomica esaustiva [7]
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FoundationOne fornisce una profilazione genomica esaustiva, in grado di identificare un numero maggiore di alterazioni rispetto all’analisi NGS hot spot 4,17,18
L’analisi NGS hot spot (basata su ampliconi) sequenzia soltanto regioni o “cluster” di geni che sono notoriamente associati all’insorgenza dei tumori. Sebbene più esaustiva delle tecniche di ibridazione in situ in fluorescenza (FISH) o di reazione a catena della polimerasi-trascrittasi inversa (RT-PCR), questa tecnica fornisce un’analisi limitata e si stima che, senza un’analisi FISH integrativa, un pannello di geni hot spot potrebbe non rilevare fino al 50% delle alterazioni clinicamente rilevanti di cui è raccomandata l’analisi da parte delle linee guida NCCN.17 Inoltre, questo tipo di analisi generalmente identifica sostituzioni di basi con un’elevata sensibilità, ma è in grado di rilevare solo piccole inserzioni e delezioni con una sensibilità bassa.18 Molte alterazioni potrebbero quindi non essere rilevate durante un’analisi NGS hot spot rispetto a FoundationOne, che offre una profilazione genomica esaustiva (cattura per ibridazione) di > 99% delle sequenze codificanti di molti geni correlati al tumore.4
L’analisi hot spot non identifica tante alterazioni quante la profilazione genomica esaustiva [4,17,18]
L’analisi hot spot non identifica tante alterazioni quante la profilazione genomica esaustiva [4,17,18]
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È stato provato in diversi studi che FoundationOne permette di identificare una maggior quantità di alterazioni del DNA rispetto all’analisi NGS hot spot:

Pazienti con carcinoma polmonare non a piccole cellule (NSCLC)
Il 17% (12/71) dei pazienti che risulta positivo a una delezione dell’esone 19 di EGFR era precedentemente risultato negativo con l’analisi NGS hot spot.5
Casi di NSCLC
Senza un’analisi FISH integrativa, l’analisi hot spot potrebbe non rilevare fino al 50% delle alterazioni target che linee guida del National Comprehensive Cancer Network (NCCN) raccomandano di analizzare con la profilazione molecolare.17
Casi di tumore del colon-retto
L’88% delle alterazioni di KRAS predittive situate fuori dalla regione hot spot del codone 12/13 era sfuggito alla precedente analisi hot spot.19

cod. IT/NONP/1804/0001(1)
Riferimenti
  1. FoundationOne technical information.
  2. Chalmers ZR et al. Genome Med 2017; 9:34.
  3. Castro MP et al. J. Immunother 2015; 3:58.
  4. Frampton, GM et al. Nat Biotechnol 2013; 31:1023–1031
  5. Schrock AB et al. Clin Cancer Res 2016; 13:3281–3285.
  6. Ali SM et al. Oncologist 2016; 6:762–670.
  7. Chmielecki J et al. The Oncologist 2015; 20:7–12.
  8. Rozenblum AB et al. J Thorac Oncol 2017; 2:258–268 (and supplementary material).
  9. Chen AY-Y and Chen A. J Invest Dermatol 2013; 133:e8.
  10. Bridge JA. J Orthop Sci 2008; 13:273–282.
  11. Angulo B et al. PLoS One 2012; 8:e43842.
  12. Bishop R. Bioscience Horizons 2010; 1:85–95.
  13. Hu L et al. Biomark Res 2014; 2:3.
  14. Lin F and Prichard J (eds). Handbook of Practical Immunohistochemistry 2015. Frequently Asked Questions, 2nd edition. Springer Science+Business Media 2015.
  15. Pekar-Zlotin M et al. The Oncologist 2015; 20:316–322.
  16. Leong T Y-M et al. Adv Anat Pathol 2010; 17:404–418.
  17. Suh JH et al. The Oncologist 2016; 21:684–691.
  18. Drilon A et al. Clin Cancer Res 2015; 21:3631–3639.
  19. Rankin A et al. The Oncologist 2016; 11:1306–1314.